塙保己一(はなわほきいち)の「群書類従(ぐんしょるいじゅう)」には、六蔵寺本の「神皇正統記(じんのうしょうとうき)」と「六地蔵寺過去帳(かこちょう)」が収録されています。
明治42年「法宝蔵」修理の際、床下から慶長小判30枚、他の小判6枚が発見されましたが恐らく光圀公(義公)の計らいであろうと考えられています。

昭和になって、東大の平泉澄(ひらいずみきよし)博士が本格的な史料調査を行い、後に慶応大学の阿部隆一博士が再調査を実施し、蔵書目録が完成しています。蔵書典籍1975、文書479通は県指定文化財、山門も同じく県指定文化財で、その他の文化財も数多い。境内には樹齢千年をこえる大スギや光圀公ゆかりのシダレザクラがあり、墓地には立原翠軒(すいけん)や栗田寛(ひろし)の墓があります。